Вызывается хламидиями (гальпровиями), которые занимают промежуточное положение между вирусами и бактериями. Основные формы возбудителя: элементарные тельца (инфекционная внеклеточная форма паразита) и ретикулярные тельца (форма внутриклеточного существования микроорганизма, обеспечивающая его репродукцию)-

Основной путь передачи инфекции - половой. Вместе с тем, относительная стойкость хламидий во внешней среде не исключает других способов заражения и, в частности, попадания в глаза загрязненной воды (бассейновый конъюктивит). Возможна передача возбудителя во время родов, что ведет к развитию офтальмии, пневмонии, фарингитов, уретритов и вульвитов.  Хламидиоз диагностируется у каждой второй женщины с хроническими воспалительными заболеваниями и у 57% женщин, страдающих бесплодием. Хламидийная инфекция - одна из причин недоношенности, мертворождения и неонатальной смерти. 

Естественной невосприимчивости к урогенитальному хламидиозу не существует. Попавшие на слизистую оболочку мочеполовых органов, прямой кишки или конъюктиву глаза возбудители прикрепляются к чувствительным клеткам - цилиндрическому эпителию. В дальнейшем фагоцитированные хламидий либо погибают под влиянием лизосом клетки, либо вступают в цикл развития. В результате накопления токсическихпродуктов возникает воспалительная реакция. Динамика развития хламидийной инфекции сопровождается поэтапным подавлением иммунных защитных реакций. У больных возникают существенные нарушения в составе мембранных фосфолипидов и циклических нуклеотидов. Выявляются изменения гормонального статуса (у женщин весьма часто констатируются патологические сдвиги в соотношении фолликулиновой и прогестероновой фазы менструально-овариального цикла. 

Начальные проявления болезни выражены слабо, поэтому продолжительность инкубационного периода установить трудно. Продромальные явления, как правило, отсутствуют. Острое течение патологического процесса встречается крайне редко. У 30% больных через несколько недель спонтанно наступает клиническое (но не этиологическое) выздоровление. Сохраняющиеся в клетках хламидии при определенных условиях , в частности, в случаях переутомления, переохлаждения, присоединения гонококка и др.) активизируются и ведут к рецидиву заболевания. У женщин развиваются разнообразные осложнения: стриктуры уретры, маточных труб и спайки в малом тазу. У мужчин длительно текущая инфекция вызывает уретропростатиты, Фуникулиты, эпидидимиты, бесплодие и болезнь Рейтера.    Иммунный ответ организма на    возбудитель не совершенен, поэтому наблюдаются повторные заражения. В активации и распространении хламидииного процесса важную роль играет смешанная урогенитальная инфекция. Не имея собственных мощных источников энергии, хламидии часто вступают в симбиоз с другими микробами. Хламидии окружают микроба-помощника и себя от агрессивного воздействия фагоцитов полупроницаемой защитной мембраной, и вегетируют за счёт их энергоресурсов. 

Обращает на  себя внимание резкое подавление нормальной микроФлоры, иногда полное ее отсутствие в урогенитальном тракте. Появляющиеся в последующем кишечная палочка, клебсиелла, стафилококк, кандида свидетельствуют о снижении способности слизистых оболочек к самоочищению. В этих случаях возникает возможность для вторичного патологического процесса, вызванного этими микроорганизмами.